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sexta-feira, 30 de setembro de 2011

Análise do transcriptoma de leishmanias por seqüenciamento do RNAm


Comentários do Congresso da SBPz - 19 a 21 de setembro de 2011, Foz do Iguaçu



Post de Leonardo Arruda

Sobre a palestra de Myler PJ
A disponibilização do genoma de várias espécies de Leishmania revolucionou a habilidade para investigar a biologia e fisiopatologia destes parasitas. Entretanto, nem todos os mecanismos para regulação da expressão gênica foram elucidados.

Buscando contribuir neste campo, os autores analisaram todo transcriptoma de diferentes espécies de leishmania (L. major, donovani, amazonensis, braziliensis e tarentolae), utilizando uma nova tecnologia denominada seqüenciamento de RNA de alto rendimento (RNA-seq), com a finalidade de analisar os níveis dos RNAm e suas sequências nas diferentes fases do ciclo celular.
Foram desenvolvidas diferentes formas para a construção de bibliotecas para RNA-seq. Entre elas, aquela com resultados mais surpreendentes foi o mapeamento da região final 5’ dos mRNAs. Esta abordagem foi tão sensível, que foi possível a utilização do RNA total oriundo de extração de macrófagos infectados ou diretamente do RNA extraído da lesão de animal. Além disso, foram obtidas informações sobre o local de adição da SL (Sequencia Líder – lembrar que no trans-splicing ocorre a adição da SL na porção 5’ e a poli-adenilação na porção 3’ em cada gene) bem como abundância do mRNA para cada espécie / fase do ciclo.

Os resultados obtidos foram impressionantes, pois foi observado uma mudança no sítio de adição da SL durante a diferenciação celular. Por precisamente definir as terminações 5’ e 3’ dos mRNAs, estes resultados permitiram redefinir anotações estruturais no genoma destas espécies. Sendo assim, muitos genes anteriormente ditos como ortólogos tiveram sua função designada.
Os resultados deste estudo permitirão o melhor entendimento sobre a biologia da leishmania, como início e término da transcrição. Os autores ainda estão comparando os sítios de adição da SL bem como a abundância do mRNA entre as espécies. 

sexta-feira, 27 de agosto de 2010

Assinatura transcricional na tuberculose


Post de Evelin Oliveira
Estima-se que cerca de um terço da população mundial esteja infectada com o bacilo da tuberculose (TB). Para 90% dos indivíduos não haverá evolução do estágio de infecção para a doença, e uma das grandes dificuldades no controle da TB está em prever a transição deste estágio latente para a forma ativa, única capaz de transmitir a micobactéria para novos hospedeiros.
Na tentativa de identificar precocemente a evolução da TB latente para forma ativa da doença, Matthew Berry e  colaboradores avaliaram o perfil transcricional a partir do sangue de pacientes com tuberculose ativa (antes do tratamento), indivíduos com TB latente e controles sadios. Foram identificadas 393 assinaturas transcricionais em pacientes com TB ativa as quais indicam que os genes expressos estão relacionados a uma resposta inflamatória. Cerca de 10-25% dos perfis transcricionais de pacientes com TB latente foram agrupados com os de pacientes com TB ativa, sugerindo que há um risco potencial da progressão da tuberculose latente sub-clínica para doença ativa. Este tipo de estudo pode auxiliar no diagnóstico precoce de uma possível re-ativação dos indivíduos com TB latente evitando a forma ativa da doença.
Os 393 genes expressos que compõem a assinatura da TB ativa também são observados em outras doenças, já que são preditivos de resposta inflamatória. Após o tratamento contra tuberculose nos pacientes com doença ativa houve diminuição da expressão de 86 genes, os quais foram correlacionados a uma resposta anti-micobacteriana quando comparada às outras infecções. 
Segundo o trabalho, a assinatura transcricional também pode ser usada para monitorar a eficácia do tratamento, já que nos pacientes com TB ativa após dois meses de terapia houve diminuição da expressão dos genes e após um ano os genes relacionados a resposta inflamatória não foram mais expressos. Isto reflete a resposta do hospedeiro à infecção pelo M.tuberculosis.
Para avaliar o conjunto de genes que são coordenadamente expressos em diferentes doenças, o grupo de Berry definiu módulos específicos que identificaram componentes funcionais da resposta do hospedeiro durante a tuberculose ativa. Um dos resultados mostrou que o aumento de genes responsáveis pela transcrição do IFN de pacientes com TB ativa correlaciona com severidade da doença. 
A busca de genes que servem como assinatura de gravidade da doença ou indicativo de re-ativação pode nos levar a melhorias tanto no tratamento quanto no diagnóstico precoce da tuberculose.
ResearchBlogging.orgBerry MP, Graham CM, McNab FW, Xu Z, Bloch SA, Oni T, Wilkinson KA, Banchereau R, Skinner J, Wilkinson RJ, Quinn C, Blankenship D, Dhawan R, Cush JJ, Mejias A, Ramilo O, Kon OM, Pascual V, Banchereau J, Chaussabel D, & O'Garra A (2010). An interferon-inducible neutrophil-driven blood transcriptional signature in human tuberculosis. Nature, 466 (7309), 973-7 PMID: 20725040