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sábado, 20 de fevereiro de 2010

O seu problema de resposta aos revisores está (quase) resolvido


ResearchBlogging.org
Só não teve problemas com revisores de artigos científicos quem nunca enviou um artigo para publicação em revista com revisão por pares. Sempre há uma pergunta sem sentido, sempre há um comentário inútil, sempre há algo que demonstra que o revisor não prestou tanta atenção quanto deveria, quase sempre há uma pergunta embaraçosa, quase sempre há um comentário desnecessário, quase sempre há algo que demonstra que o revisor não entende do campo, às vezes há comentários mal educados, grosseiros etc.
Esta ladainha é repetida mesmo pelos autores que também são revisores (afinal por isto a revisão se denomina por pares).
Já teve estes problemas (ou fez alguém ter estes problemas?), então os seus problemas estão prestes a se acabar. Dr. Bruno Andrade descobriu na literatura a solução tabajara para a resposta aos revisores. Esta miraculosa fórmula para elaborar respostas (ou entendê-las, se no momento estiver do outro lado) foi publicada no Canadian Medical Association Journal por Daniel Rosenfield e Steven J. Hoffman “Snappy answers to stupid questions: an evidence-based framework for responding to peer-review feedback” (CMAJ Dec 8, 2009 • 181(12)  DOI:10.1503/cmaj.091164). 
Depois de apresentar elaboradas escalas de tolices (Scale of Silliness - SOB), de beligerância (SOB) e um Índice de Reflexividade do Humor (Mood Reflective Index - MRI) eles apresentam o modelo (baseado em evidências) para resposta aos revisores que é apresentado na figura abaixo que ilustra este post.

Imagino que terá sido mero acaso que as escalas apresentadas reproduzem siglas conhecidas: SOS para socorro e SOB para filho da ... 
Uma das melhores partes do artigo é o Disclaimer:
“Disclaimer: The SATSQ approach expedites the peer-review process and allows for faster response times because submissions may be rejected more hastily than usual. The SATSQ approach is designed for use in responding to silly comments only. Most peer-review feedback — which hopefully carries at least some value, intellect and depth — does not require the use of obscenities or biting sarcasm. This approach is intended only for use with high-quality articles or research grants that reviewers either did not understand or did not give sufficient attention. Poorly written, under-researched or plainly unintelligible submissions probably deserve the comments received, and have no claim to legitimate use of the described framework. Readers working under authoritarian regimes beware! You may not enjoy the same guarantees of academic freedom and should temper your responses accordingly. The authors hereby dissolve themselves of all liability for the consequences of indiscriminate use of the SATSQ approach.”
Caso resolva adotar o esquema proposto, saiba que este blog não assume qualquer liability (nem os autores o fazem).
Veja também o conselho do Dr. Luis Claudio Correia, um especialista em Medicina Baseada em Evidências: “Antes de aderir a esta atraente proposta, precisamos de evidências de que isso não aumenta a taxa de rejeição. Por enquanto, permaneço com a postura mais polida.”

Rosenfield, D., & Hoffman, S. (2009). Snappy answers to stupid questions: an evidence-based framework for responding to peer-review feedback Canadian Medical Association Journal, 181 (12) DOI: 10.1503/cmaj.091164

quinta-feira, 28 de janeiro de 2010

Limitações do uso de citações como indicador de qualidade de artigos científicos.

Quase todos na área científica concordam que o número de citações que um trabalho recebe é um aspecto importante na análise da sua qualidade. Se contribui para o avançado conhecimento na área, o trabalho será inevitavelmente citado. Já tratamos em oportunidades anteriores sobre o problema de usar número de citações como indicador de qualidade entre diferentes áreas do conhecimento e do risco do emprego deste indicador para avaliações individuais. Há vários outros aspectos a considerar, como o tipo de artigo científico e padrões de citações. 
Note que a citação depende do avanço do conhecimento. Este não é um aspecto importante para TODOS os trabalhos publicados. Muitas vezes o objetivo do trabalho pode ser a divulgação entre os profissionais da área. Também pode ser a informação sobre um aspecto prático de utilizar uma informação existente.
Podemos imaginar três tipos de artigos científicos: artigos científicos bona fide, com avanço do conhecimento; artigos com informações importantes para a prática dos profissionais da área e artigos de divulgação científica para o público leigo. O número de citações pode ser um indicador de impacto de um artigo pertencente ao primeiro grupo, mas dificilmente o será nos demais. Utilizamos, comumente, apenas o impacto decorrente das citações recebidas como um surrogate marker de qualidade. Um dos problemas neste campo é que não há indicadores fáceis para avaliar o impacto dos artigos voltados ao público profissional da área nem dos artigos dirigidos ao público leigo.
O exemplo mais citado sobre problemas do uso exclusivo das citações como avaliador da qualidade de um artigo é o da área clínica. Um trabalho pode ser bastante lido e ter grande importância na prática médica e não receber muitas citações.
Algumas outras áreas também referem padrões diferentes em citações. Um artigo recente (Problems of citation analysis: A study of uncited and seldon-cited influences) publicado no Journal of the American Society for Information Science and Technology (61, 1-12 DOI: 10.1002/asi.21228)comenta sobre a área de biogeografia. Nesta área, segundo os autores, não ocorrem muitas citações. Uma das formas mais comuns de divulgação do conhecimento é a elaboração de “floras” que consiste numa listagem das espécies de plantas presentes numa região. (Um padrão bem antigo, se você se lembra da extraordinária Flora Brasiliensis de von Martius, c. 1840). As floras podem ser divulgadas em livros, relatórios etc. e raramente são citadas em artigos com revisão por pares e indexados no Web of Science. Se a flora for incorporada em bancos de dados e livros, por exemplo, temos uma indicação indireta de sua importância. Contudo, o registro destas citações não é fácil de ser feito e não há indicadores para isto.
Ilustração. Capa da Flora Brasiliensis.

MacRoberts, M., & MacRoberts, B. (2009). Problems of citation analysis: A study of uncited and seldom-cited influences Journal of the American Society for Information Science and Technology DOI: 10.1002/asi.21228
ResearchBlogging.org

terça-feira, 10 de novembro de 2009

Pesquisadores da USP denunciados por fraude

O boletim informativo da ADUSP (Informativo Adusp 296) noticiou em 03 de novembro uma denúncia de fraude feita por professora da UFRJ contra um grupo de pesquisa da USP em Ribeirão Preto. Isto se soma a um episódio anterior de plágio. Em setembro de 2008, comissão da Reitoria da USP emitiu uma moção de censura contra o Diretor do Instituto de Física por episódio de plágio científico. O fato foi bastante divulgado pelaANDIFES, e também pela imprensa, como a Folha e Globo.

Estes episódios, juntamente com o aumento real (aumento percentual em relação ao total de publicações) de casos de retratação de artigos em revistas científicas (já discutidoaqui), aponta para um quadro preocupante. Estes episódios abalam o esforço da ciência e, certamente, prejudicam o apoio social à atividade científica.

No caso específico do Brasil precisamos redobrar os esforços para evitar problemas deste tipo. Uma repetição de episódios envolvendo autores brasileiros terá um efeito negativo muito forte sobre toda a comunidade. A fraude e o plágio, se não coibidos firmemente, prejudicarão o grande esforço em curso para colocar o país como um importante gerador de conhecimento científico.


Veja a matéria do Boletim da ADUSP:

“Pesquisadora do Instituto de Microbiologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), a professora Angela Hampshire Lopes encaminhou à Pró-Reitoria de Pesquisa da USP uma denúncia de plágio contra um grupo de pesquisadores do qual faz parte a professora Suely Vilela. A reitora da USP é co-autora de um artigo científico que reproduz, sem citar a fonte, material originalmente publicado, cinco anos antes, por um grupo de pesquisa liderado pela professora Angela Lopes. Uma sindicância foi aberta para apurar o caso.

O artigo contestado, que foi publicado em 2008 na revista Biochemical Pharmacology (edição 76), reproduz três imagens colhidas em microscópio eletrônico idênticas às que constam de um outro artigo, publicado em 2003 na revista Antimicrobial Agents and Chemotherapy (v. 47, nº 6), por Angela Lopes e seu grupo. Além disso, algumas passagens do artigo de 2008 são quase integralmente copiadas do artigo de 2003. Não há qualquer referência ao trabalho anterior e aos seus autores.

A professora Angela Lopes declarou ao Informativo Adusp que prefere não comentar o caso, que está sendo “devidamente tratado pelas instâncias superiores da USP”, segundo ela. “Meu grupo e eu decidimos esperar os desdobramentos naturais do caso, confiando plenamente no bom senso e na lisura do processo em questão”, disse a docente da UFRJ.

“Confusão”

O coordenador do grupo acusado de plágio é o professor Andreimar Soares, que pertence à Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, mesma unidade de Suely. “Deixo claro que não houve plágio, e sim que ocorreu um lamentável erro de substituição de figuras pela minha ex- aluna de doutorado”, declarou Soares ao Informativo Adusp. Ele atribuiu o problema a uma “confusão da minha orientada, Carolina D. Sant’Ana, em meados de 2007”. Carolina é co-autora do artigo em questão.

De acordo com Soares, seus alunos são incentivados a complementar “suas discussões e apresentações com os trabalhos correlacionados, apresentando-os de forma mesclada durante seus seminários internos”, de forma paralela e comparativa. “Não houve má fé da aluna, mas durante estas apresentações ela deve ter utilizado suas figuras como exemplo de dano ao Trypanosoma, pois já tinhamos os resultados in vitro e os de Leishmania, e nessa provável mescla, ao invés de manter somente na discussão do seu trabalho, em algum momento estes dados foram incluídos e confundidos, ocasionando este erro absurdo”. O professor informa que “todas as medidas já estão sendo tomadas para a retratação deste grave erro junto à Editora e à comunidade científica, pois, nestes últimos 15 anos de carreira, sempre me preocupei em desenvolver pesquisa com seriedade e de boa qualidade”.

A professora Suely Vilela esquivou-se de responsabilidade no caso: “O trabalho mencionado é resultado da tese de doutorado da aluna Carolina Dalaqua Sant’Ana, que foi orientada pelo professor da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Andreimar Martins Soares”, declarou ao Informativo Adusp. “Minha colaboração com o docente é na área de isolamento e purificação de toxinas animais, matéria distinta em relação às passagens e imagens questionadas. Em face das acusações referidas, de uso indevido de obra alheia anterior, já foi instaurada a competente sindicância administrativa para apuração dos fatos”. A USP, afirma, “dispõe de instrumentos administrativos e jurídicos para conduzir o processo com total isenção”.

O Informativo Adusp submeteu à pesquisadora Carolina Sant’Anna as declarações de Soares e Suely. “O que o professor Andreimar comentou é o que realmente aconteceu”, disse. “Não tenho mais o que dizer... apenas lamento esta situação”.

Retirada

Nos currículos Lattes de Soares, de Suely e de Carolina, foi retirada a menção ao artigo objeto da acusação de plágio, “Antiviral and antiparasite properties of an L-amino acid oxidase from the Snake Bothrops jararaca: Cloning and identification of a complete cDNA sequence”. Nos três casos foi possível localizar as versões anteriores na memória cache do buscador Google, nas quais consta o artigo. “Foi uma forma de entender a gravidade do assunto e de me retratar inicialmente junto à comunidade científica até que tudo fique esclarecido”, declarou Soares sobre a retirada.

A tese de doutorado de Carolina não foi localizada no banco de dados da USP. Mas foi possível encontrar referência a ela na memória cache do Google: seu último registro data de 18/10.

O currículo de Suely aponta a participação da reitora em dez projetos de pesquisa em andamento. Perguntada sobre como conciliar o cargo com os diversos projetos de pesquisa em andamento, Suely respondeu: “Possuo um laboratório de pesquisa com boa infraestrutura física e de recursos humanos, inclusive pós-doutores. Além disso, a tecnologia da informação me permite manter contato com pesquisadores, pós-graduandos e técnicos de nível superior de forma eficiente e ágil, o que me possibilita conciliar atividades administrativas e de pesquisa científica”.


Figuras

Às imagens (A), (D) e (E) da Figura 3 do artigo de 2003 correspondem respectivamente as imagens (A), (B) e (C) da Figura 3 do artigo de 2008, no qual foram suprimidas as imagens (B) e (C) da seqüência original.

A seqüência de imagens publicada no artigo de Angela Lopes e outros, “Antileishmanial Activity of a Linalool-Rich Essential Oil from Croton cajucara”, mostra a ação de óleo essencial rico na substância linalol, extraído de folhas da planta Croton cajucara, sobre o protozoário Leishmania amazonensis.

Porém, no artigo de Soares, Suely e outros, as mesmas imagens recebem legenda explicativa diferente, que informa tratar-se do efeito de L- aminoácido oxidase (LAAO) extraído da cobra Bothrops jararaca sobre o protozoário Trypanosoma cruzi.

Apesar de substância e parasita citados serem diferentes, a redação para o processo que se observa nas imagens é precisamente a mesma, como se pode comprovar no quadro da p. 4. O artigo de 2008 traz outras imagens produzidas por microscópio eletrônico que registrariam tratamento de parasitas Leishmania amazonensis por LAAO de jararaca (imagens D e E, figura 3), mas a explicação do que se vê ali é literalmente igual a outro trecho do artigo em 2003.


COMPARE DOIS TRECHOS

Substâncias e parasitas diferentes, redação igual

Artigo de 2003

“Untreated and treated (15.0 ng of essential oil per ml) promastigotes were observed by transmission electron microscopy, and photomicrographs of the promastigotes are shown in Fig. 3A to E, which show promastigotes with different degrees of damage. Disruption of flagellar membranes, mitochondrial swelling, and gross alterations in the organization of the nuclear and kinetoplast chromatins were detected. After 30 min in the presence of essential oil the parasites were completely destroyed.” (p. 1898)

Artigo de 2008

“Untreated and treated promastigotes (L. amazonensis) and epimastigotes (T. cruzi) were observed by transmission electron microscopy. Photomicrographs of the promastigotes with different degrees of damage are shown in Fig. 3. For treated T. cruzi with BjarLAAO-I, disruption of flagellar membranes, mitochondrial swelling and gross alterations in the organization of the nuclear and kinetoplast chromatins were detected. After 24 h in the presence of 15 mg of BjarLAAOI, the parasites were completely destroyed (Fig. 3A–C).” (p. 283)


Imagens inéditas, explicação não

Artigo de 2003

“Mitochondrial swelling and important alterations in the organization of the nuclear and kinetoplast chromatins were observed by electron microscopy when L. amazonensis parasites were treated for 20 to 30 min with 15.0 ng of essential oil from C. cajucara per ml (Fig. 3).” (p. 1900)

Artigo de 2008

“Mitochondrial swelling and important alterations in the organization of the nuclear and kinetoplast chromatins were observed by electron microscopy when L. amazonensis parasites were treated with 5.0 mg/ml of BjarLAAO-I (Fig. 3D and E).” (p. 283)

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artigo citado:

Biochem Pharmacol. 2008 Jul 15;76(2):279-88. Epub 2008 May 7.

Antiviral and antiparasite properties of an L-amino acid oxidase from the snake Bothrops jararaca: cloning and identification of a complete cDNA sequence.

Sant'Ana CD, Menaldo DL, Costa TR, Godoy H, Muller VD, Aquino VH, Albuquerque S, Sampaio SV, Monteiro MC, Stábeli RG, Soares AM.

Departamento de Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, FCFRP-USP, Ribeirão Preto-SP, Brazil.”

sexta-feira, 30 de outubro de 2009

Aluguel de artigos científicos !?

“DeepDyve ... provides a research engine that searches the “deep web.” It allows researchers, students, technical professionals, business users, and other information consumers can access a wealth of untapped information that resides on the “Deep Web” – the vast majority of the Internet that is not indexed by traditional, consumer-based search engines.”

“OCTOBER 27, 2009 – Sunnyvale, CALIF — DeepDyve today unveiled the world’s largest online rental service for scientific, technical and medical research. From a growing database spanning thousands of journals, DeepDyve now gives consumers and professionals access to more than 30 million articles for as little as $0.99 per article.”

Veja o post DeepDyve — iTunes comes to Science Publishing, Posted by Philip Davis no site {The Scholarly Kitchen}:

Yesterday, the online article intermediary DeepDyve announced a rental model for scientific papers, prompting one news outlet to call this new business, “Netflix for Researchers.”

DeepDyve is a search engine specializing in indexing and providing direct access to scientific articles. But it does so in a novel way — by renting, not selling, access.

Their motto is, “Research. Rent. Read.” It forgoes the ownership model of access. Like DVDs that need to be mailed back to Netflix, DeepDyve is based on a short-term rental period of journal article access.

Users can sign up for three types of membership:

  1. 1.Basic. Pay as you go at $0.99 per article for a 24-hour rental

  2. 2.Silver. A monthly subscription plan at $9.99 , which allows 20 articles at any one time with a 7-day rental, and

  3. 3.Gold. A subscription plan of $19.99 allows unlimited rentals with no rental period

The list of publishers who have teamed up with DeepDyve include: Oxford University Press, Sage, Taylor & Francis, Wiley-Blackwell, and PLoS, along with many of the society publishers hosted by HighWire and BioOne. DeepDyve is also indexing open access repositories like the arXiv and PubMed Central. Conspicuously missing from list are some of the biggest publishers that charge the highest pay-per-view prices, Elsevier and Springer.”

Leia mais.

quinta-feira, 3 de setembro de 2009

Cancelamento de artigos em elevação


Zoë Corbyn relata no Times Higher Education (THE) sobre um artigo da Thomson Reuters que demonstra a elevação da taxa de cancelamento (retraction) de artigos científicos a partir de 1990.
Em 1990 foram cancelados 5 de 690.000 artigos (0,0007%) e em 2008 foram cancelados 95 dos 1,4 milhões publicados (0,007%), na base Science Citation Index Expanded. Um aumento bastante acentuado em termos percentuais.
Este aumento de quase 10 vezes é atribuído a uma maior pressão sobre os autores para publicar, sobre os editores para coibir falsos relatos e ao aperfeiçoamento dos métodos de detecção.
“The study, by the academic-data provider Thomson Reuters, follows the retraction last month of a paper on the creation of sperm from human embryonic stem cells.
The paper, written by researchers at Newcastle University, was withdrawn by the Stem Cells and Development journal following its discovery that the paper's introduction was largely plagiarised.
...
It shows that over nearly 20 years the number of articles produced has doubled, but the number of retractions - still a small fraction of the literature - has increased 20 times. This is equal to a tenfold increase, factoring in the growth of articles.
...
The growth has been particularly pronounced in the past few years, even factoring out 22 retracted papers authored by Jan Hendrik Schon, the disgraced German physicist, earlier this decade.”
Vinte e dois artigos cancelados, este cara é campeão. Sem ele e sem o japonês do HMGB-1 a taxa cairia bastante.