Feliz Natal, com química!

Visto no excelente blog De Rerum Natura (aqui) e como homenagem ao Ano Internacional da Química.

Feliz Natal, para cientistas

Muito criativos os votos da  Life Technologies Brasil.
Mereceu até furar a promessa de recesso  no blog.

Recesso do blog. Bom 2012

Estaremos sem postar até o próximo ano. Um pouco de descanso para nós e para vocês também!


Aproveitem as festas e tenham um excelente 2012.

Cálculos científicos para a viagem de Papai Noel

Na noite do dia 24, enquanto Papai Noel atravessa o mundo todo para entregar presentes a todas as crianças, você pesquisador deve se fazer certas perguntas difíceis de responder.

Não pense que estas perguntas ficam sem uma adequada análise científica:

Pergunta	Resposta
Quantas horas tem Papai Noel para fazer todas as entregas?	39 (31 usando as diferenças de horário ao voar de leste para oeste e consideradas mais 8 hs de sono das crianças)
Quantas crianças ele visita?	700.000.000 (35% dos 2 bilhões de crianças; assumindo que ele não visita as crianças muçulmanas, indus, judias etc).
Qual a distância a ser percorrida?	342.510.000km (assumindo 233 milhões de residências cristãs distribuídas igualmente na área do planeta (510 milhões de km, assumindo o mundo como um quadrado para facilitar o cálculo) e com 1.47 km entre as casas.
Velocidade do trenó?	Fácil considerando as respostas acima: 342.510.000km/32h = 10.703.437.5km/hr
Peso da carga?	461.300 toneladas (assumindo um presente médio de 660g). Para comparação: um Boeing747 transporta 237,5 (sem contar o aumento relativo da massa. Com a velocidade calculada, haveria um aumento substancial). O super trenó equivale a 1.942 Boeing747!!!
As super-renas aguentam tudo isto???	Devem ser 5,6 milhões de renas geneticamente modificadas, mas este segredo ainda não foi desvendado.
Como sabemos que são renas geneticamente modificas?	Você já viu uma rena normal voar???

Estes e outros cálculos pertinentes estão detalhados em reportagens interessantes do Telegraph:

Father Christmas's Christmas Eve in figures em 2009 e

The science of Christmas: Santa Claus, his sleigh, and presents em 2010.

A vida imortal de Henrietta Lacks

Aproveite o recesso de fim de ano para ler um bom livro e aprender um monte. Se você se interessou, recomendo o livro sobre a vida de Henrietta Lacks e as células HeLa. O livro relata a vida desta paciente de câncer, de quem foram retiradas as células HeLa, e, após a sua morte, a vida dos seus descendentes. Ao mesmo tempo, a autora descreve os avanços científicos, tecnológicos e éticos, decorrentes deste evento. É uma leitura muito boa, especialmente para aprendermos como a pesquisa era feita antigamente e o que mudou hoje, para o bem, na minha opinião.

The Transcription Factor E4BP4 regulates the production of IL-10 and IL-13 in CD4+T cells

Post de Marcia Weber Carneiro (LIP/CPqGM-FIOCRUZ)

A citocina imunoreguladora IL-10 é expressa principalmente por células do tipo Th2, mas também por células Th1 durante a infecção crônica com T. gondi e L. major. Esta citocina pode regular a resposta imune. Já a citocina IL-13, produzida principalmente por células Th2, pode ser produzida por células natural killer (NK), natural killer T (NKT), eosinófilos e basófilos. Pacientes asmáticos, além da produção de IFN-y, produzem maiores quantidades de IL-13. Assim, células Th1 e Th2 podem ser fontes de ambas citocinas.

Já se sabe que a expressão destas citocinas, IL-10 e IL-13, é regulada pelo GATA-3, um fator de transcrição de células Th2. Porém, não foram determinados quais fatores são responsáveis pela expressão destas citocinas em células Th1. O fator E4BP4 regula o desenvolvimento de células NK e de células Th2. Assim, no presente trabalho, os autores buscam determinar os mecanismos de plasticidade destas citocinas, ou seja, como há expressão destas citocinas em células Th1 e Th2. Para isso, eles utilizaram um modelo de camundongos deficientes em IL-4 e IL-4R que possuem uma alta responsividade das vias aéreas. As células T CD4⁺ foram isoladas do pulmão e do linfonodo mesentérico. Estas células foram estimuladas de diferentes maneiras para geração dos diferentes tipos celulares (Th1 e Th2). Os autores também utilizaram células T CD4⁺ de camundongos transgênicos para OVA e estimularam, semanalmente, as mesmas com OVA. A produção de citocinas foi então avaliada por ELISA e FACS. A expressão gênica também foi avaliada através da técnica de microarranjo.

Os autores demonstraram que células Th1, NKT e T regulatórias, deficientes em E4BP4, possuem expressão atenuada de IL-10 e de IL-13. A expressão aumentada de E4BP4 desencadeou a produção de ambas as citocinas em células Th1. O E4BP4 também foi capaz de induzir a produção de IL-10 na ausência de GATA-3. O E4BP4 foi capaz de regular a transcrição de IL-10 e IL-13 em células T regulatórias e NKT. Porém, a expressão de IL-13 foi independente do mesmo, pois células Th2 deficientes neste fator não produziram IL-10, mas produziram IL-13.

Portanto, a estimulação antigênica crônica resultou na plasticidade de células Th1, que secretaram citocinas do tipo Th2, incluindo IL-10, IL-13, mas não IL-4 e IL-5. A aquisição da capacidade de células Th1 de produzir estas citocinas foi regulada pelo E4BP4, cuja expressão foi potencializada. Porém, a expressão de IL-13 em células Th2 foi totalmente independente do fator. Assim, os autores concluem que E4BP4 é um fator de transcrição crítico na regulação de IL-10, especialmente em células T CD4⁺.

Motomura Y, Kitamura H, Hijikata A, Matsunaga Y, Matsumoto K, Inoue H, Atarashi K, Hori S, Watarai H, Zhu J, Taniguchi M, & Kubo M (2011). The transcription factor E4BP4 regulates the production of IL-10 and IL-13 in CD4+ T cells. Nature immunology, 12 (5), 450-9 PMID: 21460847

Parem as rotativas! Eliminar tabelas antes de continuar.

As idéias são melhor captadas em gráficos e figuras que em tabelas!

Eu já sabia! Você deve ter pensado. É verdade que muita gente já pensou e falou isso. "Uma figura vale mais que dez mil palavras".

Mas, onde está a evidência científica?

Agora há. A figura acima que demonstra a vantagem de gráficos sobre tabelas, tanto em tempo de compreensão como em acurácia, é do trabalho:  The Communicability of Graphical Alternatives to Tabular Displays of Statistical Simulation Studies, na PLoS ONE. 

Eles realizaram um estudo com desenho em cross-over onde estaticistas deveriam comparar a informação extraída de tabelas com a obtida dos gráficos feitos pelos autores. A interpretação era avaliada pelo tempo que levou para ser obtida e também pela acurácia. O material que os estaticistas avaliaram foi obtido de literatura publicada. Além de avaliarem diferentes pares de tabelas-dados eles também avaliaram separadamente de acordo com o nível dos estudantes (graduação vs pós-graduação).

Ao final de uma análise pesada e com densa estatistica, os autores concluem:

"We recommend simulation studies be presented in graphical form."

Cook, A., & Teo, S. (2011). The Communicability of Graphical Alternatives to Tabular Displays of Statistical Simulation Studies PLoS ONE, 6 (11) DOI: 10.1371/journal.pone.0027974

Novos membros da Academia Brasileira de Ciencias

A Academia Brasileira de Ciências divulgou no dia 16 a lista dos novos membros.


Veja os novos academicos das áreas 
Ciências Biomédicas

Gilberto de Nucci (USP)

Maria Júlia Manso Alves (USP)

Regina Pekelmann Markus (USP)

Ciências da Saúde

Fernando Cendes (Unicamp)

Francisco Rafael Martins Laurindo (USP)

e entre os Membros correspondentes

Michel Claudio Nussenzweig

Veja alista completa no site da ABC (aqui)

Camila no Globo Ciência

O Globo Ciência publicou duas reportagens interessantes nas quais há declarações de Camila Indiani de Oliveira (do LIP-FIOCRUZ Bahia).


Sobre a descentralização da pesquisa no Brasil:

e sobre a participação das mulheres na ciência:

veja as reportagens completas:

Jovens cientistas querem construir carreira no país (aqui)

e

Número de mulheres aumenta, mas ciência ainda é feudo masculino (aqui)

Livros do ano em C&T, segundo o The Economist

Do The Economist (aqui)

Books of the Year

Page-turners

"Science and technology

The Quantum Universe: Everything That Can Happen Does Happen. By Brian Cox and Jeff Forshaw. Allen Lane; 255 pages; £20. To be published in America in January by Da Capo Press; $25A book that breaks all the rules of popular science-writing, by two of Britain’s best known physicists.

Thinking, Fast and Slow. By Daniel Kahneman. Farrar, Straus and Giroux; 512 pages; $30. Allen Lane; £25The Nobel prize-winning father of behavioural economics and one of the world’s most influential psychologists, Daniel Kahneman shows how we are not at all the paragons of reason that we so often believe ourselves to be.

Global Warming Gridlock: Creating More Effective Strategies for Protecting the Planet. By David Victor. Cambridge University Press; 392 pages; $40 and £25A sophisticated analysis of the effects of global warming which shows that the current approach to the problem of climate change is a mostly ineffective mess and that alternative approaches will be hard and time-consuming to get up and running—but worth it in the end.

The God Species: Saving the Planet in the Age of Humans. By Mark Lynas. National Geographic; 280 pages; $25. Fourth Estate; £14.99A highly readable account of how we came to be living in the Anthropocene age and what we can do about it.

The Information: A History, a Theory, a Flood. By James Gleick. Pantheon; 544 pages; $29.95. Fourth Estate; £25A sprawling yet fascinating book by an acclaimed American science writer, “The Information” ranges from biology to particle physics and explores the links between information, communications, data and meaning from earliest times to the present day.

The Beginning of Infinity: Explanations That Transform the World. By David Deutsch. Viking; 487 pages; $30. Allen Lane; £25The long-awaited survey of humanity’s quest for explanation and understanding by an Oxford University quantum physicist who believes that science is as infinite as the human thirst for knowledge.

Revolutions that Made the Earth. By Tim Lenton and Andrew Watson. Oxford University Press; 440 pages; $52.95 and £29.95An analysis of the evolutionary changes that took place on Earth in response to sudden changes in temperature or atmospheric conditions, by two followers of James Lovelock, the father of the popular theory of Gaia, the self-regulating planetary system."

Ilustração (do site da Pinacoteca de SP aqui)

Título da Obra: Leitura, 1892
Data de Aquisição: 1905
Técnicas e Dimensões: óleo sobre tela, 95 X 141
Procedência: Transferência, Museu Paulista

Aprender sem esforço: Decoded Neurofeedback

Aprender piano sem esforço consciente é que você deseja? Pilotar um avião? aprender uma nova língua?


Seus problemas acabaram! e não parece ser uma solução Tabajara! Foi publicada na Science em 08 de dezembro.


Do site da NSF:
"In the future, a person may be able to watch a computer screen and have his or her brain patterns modified to improve physical or mental performance. Researchers say an innovative learning method that uses decoded functional magnetic resonance imaging could modify brain activities to help people recuperate from an accident or disease, learn a new language or even fly a plane."






Ilustração acima do post também da NSF (aqui)

What Scientists Can Be Greatful For

Um artigo muito interessante saiu na Science Career Magazine (aqui), na época do feriado de Ação de Graças dos EUA. Neste artigo, o autor relembra os feriados passados em família e qual a sua resposta para a tradicional pergunta:
"- What are you thankful for?"
Para a qual o mesmo mandou a seguinte resposta": "- I am thankful for the world." De fato, se é necessário verbalizar aquilo que você realmente quer agradecer, nada mais genial e generoso do que agradecer pela existência do mundo. Afinal, todo o resto está contido nesta unidade.

Mas o autor também levanta a seguinte pergunta: na época de Ação de Graças, agradecemos pela família, pelos amigos, etc, etc mas e a ciência? Alguém se lembra de agradecer pela ciência?
O artigo então apresenta uma lista de pontos pelos quais devemos, realmente, ser gratos:

A lista é boa mesmo mas seguem abaixo os meus top five:

"- We are thankful for the teachers who have mentored us and filled us with a sense of wonder about science.

- We are thankful for that one colleague who knows statistics. There’s always one.

- We are thankful that we no longer have to conclude our findings with “because the Church says so” or “because of an imbalance in the four vital humours.”

- We are thankful to the peers who review all of the peer-reviewed papers in the world, except when they ask us to perform additional experiments, because then they’re just being ignorant morons with stupid faces.

- But most of all, we are thankful that we get to spend our careers asking and answering interesting questions -- even when those answers only spawn more questions, and even when those questions are: “Why are the data so messed up?” or “Why didn’t the controls work again?” We are thankful for the opportunity to lead lives of investigation and discovery."

Aula de leishmaniose com Norma Andrews

Indicação de Kiyoshi Fukutani:
"Uploaded by ibioseminars on Apr 1, 2010

In the second part of this lecture, I will present background material on Leishmania, the intracellular protozoan parasites responsible for severe human pathology in several parts of the world. I will discuss the main disease forms, the history of identification of the causative agent and form of transmission, and recent discoveries that established important concepts in our understanding of this increasingly serious infectious disease. 

See more at http://www.ibioseminars.org"

Google Scholar com página pessoal de referencias e citações

Grande informação de Tiago Mineo:

“O Google Scholar agora tem uma ferramente no estilo do Researcher ID - scholar.google.com/citations .

Como a base de dados do Google é bem abrangente, os resultados para as citações dos trabalhos e respectivos índices H são bem diferentes daqueles encontrados no Researcher ID (ISI) ou Scopus. Outra vantagem óbvia é que o Google é livre …”

A minha página ficou como na figura acima do post.

Ciência da poesia, poesia da ciência

Keats
"A filosofia cortaria as asas do anjo."  Filosofia significando ciência.


Edgard Allen Poe
"Conquiste todos os mistérios pelas regras e linhas / Esvazie o ar assombrado e cheio de gnomos/ desfie o arco-iris ..."


"I think this over-romanticises both poetry and science, which have got on fine for two millennia and today are enriching their dialogue. " leia o artigo de Ruth Padel no Guardian com o título acima se você se interessa por ciência, poesia, ou ambas (aqui).

Resultados de pesquisa com recursos públicos em acesso livre.

O título da notícia do Guardian diz tudo: Results of publicly funded research will be open access – science minister (aqui). 

e continua:

“The government has signalled a revolution in scientific publishing by throwing its weight behind the idea that all publicly funded scientific research must be published in open-access journals.”

Em outro trecho, a matéria diz algo sobre o que tenho dúvidas:

“The commitment to making publicly funded research free to access is a direct challenge to the business models of the big academic publishing companies, which are the gatekeepers for the majority of high-quality scientific research. Previous attempts by open access publishers to break this stranglehold over the dissemination of scientific results have largely failed.”

Na verdade grande parte dos editores já se adaptou à exigência de alguns financiadores, governamentais ou não, de exigir a publicação em acesso livre:

Uma alternativa foi a de ter toda a revista em acesso livre e cobrar todo o custo disto dos autores. Os custos de publicação destas revistas é bem alto. O pagamento destes custos, normalmente, pode ser feito com recursos públicos. 

A outra alternativa adotada pelas revistas foi manter o acesso restrito aos assinantes e ter uma alternativa para os autores optarem por tornar a publicação de acesso livre. Neste segundo caso, de novo, os custos são bem mais elevados.

Ou seja, os editores não são mais desafiados pelo acesso livre. Eles conseguiram alternativas de manter os seus negócios. O acesso é livre, mas a publicação não.

O assunto do acesso livre às publicações já foi tratado neste blog (aqui e aqui, por exemplo).

Ilustração (aqui)

Inibição de HO-1 e Prevalência de Helicobacter pylori promove aumento da inflamação gástrica por inibição de Heme-oxigenase-1

Post de Gabriela B. C. Garcia 

Recentemente publicado no Journal of Immunology,  o artigo Disruption of Nitric Oxide Signaling by Helicobacter pylori Results in Enhanced Inflammation by Inhibition of Heme Oxygenase-1 analisa a interferência da bactéria Helicobacter pylori na resolução da inflamação, através do bloqueio da HO-1 e contínua expressão de IL-8 (entre outras citocinas e quimiocinas). 

O óxido nítrico (NO) induz, por meio do fator transcrição NF-kB, o funcionamento do gene  hmox-1 , que codifica HO-1. A H. pylori atua na repressão desse gene através de CagA/ERK ½ (citotoxina inoculada na célula hospedeira) dependente de JNK e mediada por HSF1.

O HSF1 é fosforilado em Ser326 e então ativa NF-kB. Esta ativação inibe a indução por NO, mantendo a transcrição de genes que codificam efetores da imunidade inata. A ausência de HO-1, enzima com múltiplas aplicações antiinflamatórias, contribui para a continuidade do processo inflamatório que pode resultar em gastrite crônica ou carcinogênese gástrica. 

A ilustração acima sintetiza o modelo para a regulação da expressão e papel da HO-1 na infecção por Helicobacter pylori.

Entre os experimentos realizados, constatou-se que:

1)  A restauração da produção de NO pelos macrófagos resulta na atenuação da gastrite em camundongos infectados com a H. pylori. Esse resultado também foi encontrado em humanos, a partir de biópsias gástricas que correlacionaram o aumento dos níveis da enzima à diminuição da gastrite. 

2)  As células epiteliais gástricas pré-tratadas com NO, portanto com expressão de HO-1, produzem menos IL-8 após a infecção pela bactéria do que as células não tratadas. A partir daí, sugeriu-se que o NO possuiria uma função antiinflamatória no tecido gástrico.

3)  A H. pylori favorece sua própria patogênese, pois é capaz de limitar a expressão de HO-1 de duas maneiras: através do bloqueio da produção de NO por macrófagos, mediado por sua própria arginase (Gobert et al, 2001), pela indução da arginase II do hospedeiro (Lewis et al, 2010) e pela síntese de poliaminas (Chaturvedi et al, 2010), que inibem tradução de iNOS; e em segundo lugar, através da inibição direta da indução de NO à expressão de mRNA do gene hmox-1.

4) O mecanismo pelo qual H. pylori induz ativação de JNK não foi elucidado, embora a CagA+ seja necessária neste processo.

5) O HSF1, quando fosforilado em Ser303, torna-se inativo. Isso não ocorre durante a ação da H. pylori, pois, esta inibe GSK3α (Nakayama et al, 2009), a quinase responsável pela referida fosforilação. 

Assim, o bloqueio da atividade transcricional de hmox-1 pela H. pylori contribui para a sua prevalência. A heme oxigenase-1 apresenta, além da sua função na degradação do heme, um papel imunomodulador, através da sua interferência na síntese de citocinas , supressão da proliferação de células T, entre outras. A indução desta enzima em células infectadas pode representar um tratamento alternativo para a diminuição da gastrite, uma vez que o tradicional uso de antibióticos tornou a H. pylori resistente a esses medicamentos.

Gobert AP, Asim M, Piazuelo MB, Verriere T, Scull BP, de Sablet T, Glumac A, Lewis ND, Correa P, Peek RM Jr, Chaturvedi R, & Wilson KT (2011). Disruption of Nitric Oxide Signaling by Helicobacter pylori Results in Enhanced Inflammation by Inhibition of Heme Oxygenase-1. Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950), 187 (10), 5370-9 PMID: 21987660

Congresso de 50 anos da Soc Britânica de Parasitologia

Spring Meeting 2012 (aqui)

The British Society for Parasitology's Spring Meeting - 50 years of Parasitology We will be celebrating 50 years of supporting parasitology in the UK with a special programme of speakers and events.

Venue

University of Strathclyde, Glasgow, Scotland

More information

http://www.strath.ac.uk/

The Spring Meeting includes our bi-annual Trypanosomasis and Leishmaniasis Seminar.

This is the BSPs 50th Spring Meeting and we have a number of special events as a part of the programme. These include a full civic reception provided by the City of Glasgow, four keynote speakers focusing on past present and future directions in Parasitology and conference gala dinner at the world famous Kelvingrove Museum.  We have invited key figures within our speciality and important past contributors to the BSP to enrich the programme. 

This is set to be the best and biggest Spring Meeting yet. Book early to avoid late booking fees.

SEMIN 2011 Planejar 2012 e próximos anos

O SEMIN 2011 foi dedicado ao planejamento dos laboratórios para os próximos anos e, claro, congraçamento de final de ano.

PROGRAMAÇÃO SEMIN 2011 LIMI-LIP
SEMINÁRIO DE PLANEJAMENTO CIENTÍFICO

Dia: 02/12/2011

HORA	ATIVIDADE	APRESENTADOR
09:00	Apresentação	Aldina Barral
09:20	Apresentação	Camila Indiani
09:40	Apresentação	Claudia Brodskyn
10:00	Apresentação	Valéria Borges
10:20	Apresentação	Theolis Barbosa
10:40	Pausa Café
11:00	Apresentação	Jorge Clarêncio
11:20	Apresentação	Manoel Barral
11:40-13:00	Avaliação geral e decisões	Pesquisadores
15:00	Todos	Manoel Barral
15:30	Todos	Aldina Barral

Três dos nossos pesquisadores (Johan vanWeyenbergh, Jackson Costa e José Carlos Miranda) não puderam participar devido a viagem.

Veja os diapositvos que servirão de base para as apresentações dos pesquisadores:

A parte social do SEMIN foi uma feijoada bem animada.

(Fotos de Leonardo Arruda).

com direito a Green Tour