Post de Leonardo Arruda
Um novo modelo de microarranjo voltado para uso em estudos clínicos foi desenvolvido através de uma parceria entre universidades americanas e a Affymetrix. Este novo microarray, além de proporcionar uma análise da expressão gênica global, identifica sítios de splicing alternativo, polimorfismos em um simples nucleotídeo (SNPs), bem como transcritos não codificantes (ncRNA), dentre todo o pool do transcriptoma humano.
Já estavam disponíveis no mercado alguns tipos de Exon Array, que possuíam em média quatro sondas por exon. Este novo array, denominado de GG-H array possui aproximadamente 10 sondas por exon, além de quatro sondas por possível junção exon-exon. Para cada SNP descrito seis outras sondas foram desenhadas além de outras 10 por cada região não codificante transcrita.
Os autores validaram o novo micro-arranjo comparando a expressão gênica entre músculo e fígado, onde sabidamente ocorrem eventos com o splicing alternativo. Também compararam seus resultados com seqüenciamento do RNAm. Os resultados foram impressionantes no que se refere à quantidade de dados gerados, reprodutibilidade e especificidade.
Não espero novas revoluções na tecnologia dos micro-arranjos. Acredito que em breve estarão disponíveis versões para camundongos e outros animais. O que ainda pode ser feito é a redução do custo dos equipamentos, cujo investimento inicial ultrapassa os 2 milhões de reais, bem como do chip, que custa em torno de R$700 para cada análise. Os autores enfatizaram o uso desta técnica em novos ensaios clínicos onde normalmente é necessário um contingente enorme de pacientes, apesar de terem declarando não existir conflito de interesse. Ficamos no aguardo dos trabalhos que utilizarão esta ferramenta para desvendar os reais efeitos das regiões não codificantes bem como os do splicing alternativo nos mais diversos modelos.
Além da análise da expressão do gene, são analisados a expressão de cada exon, as junções entre exons, a presença de SNPs bem como a expressão de RNAs não codificantes.
Referência: Xu, W., Seok, J., Mindrinos, M., Schweitzer, A., Jiang, H., Wilhelmy, J., Clark, T., Kapur, K., Xing, Y., Faham, M., Storey, J., Moldawer, L., Maier, R., Tompkins, R., Wong, W., Davis, R., Xiao, W., , ., Toner, M., Warren, S., Schoenfeld, D., Rahme, L., McDonald-Smith, G., Hayden, D., Mason, P., Fagan, S., Yu, Y., Cobb, J., Remick, D., Mannick, J., Lederer, J., Gamelli, R., Silver, G., West, M., Shapiro, M., Smith, R., Camp, D., Qian, W., Tibshirani, R., Lowry, S., Calvano, S., Chaudry, I., Cohen, M., Moore, E., Johnson, J., Baker, H., Efron, P., Balis, U., Billiar, T., Ochoa, J., Sperry, J., Miller-Graziano, C., De, A., Bankey, P., Herndon, D., Finnerty, C., Jeschke, M., Minei, J., Arnoldo, B., Hunt, J., Horton, J., Brownstein, B., Freeman, B., Nathens, A., Cuschieri, J., Gibran, N., Klein, M., O'Keefe, G., Altstein, L., Gao, H., Harbrecht, B., Hennessy, L., Honari, S., McKinley, B., Moore, F., & Wispelwey, B. (2011). Human transcriptome array for high-throughput clinical studies Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1019753108
Nenhum comentário:
Postar um comentário